ولكن هذه العقاقير لها أعراض جانبية سامة مثل الاسهال وفقر الدم مما يجعل من الضروري نقل دم للمريض، بالاضافة إلى أن دواء AZT غالي الثمن وصعب التصنيع ولذلك فإن هناك أدوية كثيرة يجري حالياً تطويرها أكثر فاعلية وأقل خطورة.
وقد أظهرت أبحاث اخرى أن ذات الرئة المتكيسة الرئوية الكاريبية يمكن علاجها باستخدام مضادات حيوية وباستثناء دواء البنتاميدين. ويستخدم الدواء الحيوي الانترفرون (وهي مادة كيميائية تنتجها خلايا الإنسان وحيوانات ثديية اخرى استجابة لاصابتها الفيروسية أو استجابة لكيميائيات محددة وتوجد ثلاثة أنواع من الانترفونات تمنع انتشار الاصابات الفيروسية، كما تمنع نمو الخلايا الخبيثة) في علاج الأيدز، واضافة إلى ما سبق فإن العلماء يحاولون التعرف على بعض الأدوية الاخرى التي تساهم في اعادة جهاز المناعة إلى وضعه الطبيعي